土地を5000万で売却する際の税金はいくら？税金の種類と計算例をわかりやすく解説

2024年1月29日
土地売却
税金/お金

土地を売却すると、さまざまな費用や税金がかかります。

売却による手取り額を正確に把握するには、かかる費用や税金も念頭に置いておかなければなりません。

5,000万円で土地を売却する際、どのような税金がどの程度かかるでしょうか？

今回は、5,000万円で土地を売却することでかかる税金や費用などをまとめて解説します。

1 5,000万円で土地を売却する場合にかかる主な税金
2 5,000万円で土地を売却する場合の譲渡所得税の計算の流れ
3 5,000万円で土地を売却する場合に使える主な特別控除
4 5,000万円で土地を売却する場合の税金計算例
5 5,000万円で土地を売却する場合にかかる税金以外の主な費用
6 まとめ

5,000万円で土地を売却する場合にかかる主な税金

はじめに、5,000万円で土地を売却する場合にかかる税金をまとめて解説します。

印紙税：1万円
名義変更登記にかかる登録免許税：原則として買主負担
抵当権抹消登記にかかる登録免許税：1筆あたり1,000円
譲渡所得税と住民税：取得費の額などによって変動

印紙税：1万円

1つ目は、印紙税です。

印紙税とは、領収証や契約書などの文書のうち、印紙税法で定められた一定の課税対象文書に対して課される税金です。

土地の売買契約書も印紙税の課税対象であり、契約書には税額分の収入印紙を貼付しなければなりません。

土地の売買契約書にかかる印紙税は契約書に記載する土地の売買金額によって変動し、それぞれ次のとおりです。

2024年3月31日までに作成する土地の売買契約書には、軽減税率が適用されます。

契約金額（マンションの売買価格）	本則税率	軽減税率（2024年3月31日まで）
50万円以下	400円	200円
100万円以下	1,000円	500円
500万円以下	2,000円	1,000円
1,000万円以下	10,000円	5,000円
5,000万円以下	20,000円	10,000円
1億円以下	60,000円	30,000円
5億円以下	100,000円	60,000円
10億円以下	200,000円	160,000円
50億円以下	400,000円	320,000円
50億円超	600,000円	480,000円

参照元：No.7108 不動産の譲渡、建設工事の請負に関する契約書に係る印紙税の軽減措置（国税庁）

この表から読み取れるように、5,000万円で土地を売る場合の売買契約書にかかる印紙税は、軽減税率の適用後で「1万円」です。

なお、土地の売買契約書は売主と買主が1通ずつ保管することが多く、その場合は2通分の印紙税（1万円×2通＝2万円）が必要となります。

ただし、すべてを売主が負担するのではなく、売主と買主がそれぞれ自身の保管する契約書に貼付する分の印紙税を負担することが一般的です。

名義変更登記にかかる登録免許税：原則として買主負担

登録免許税とは、土地の登記などに対してかかる税金です。

土地を売却すると売主から買主へ土地の名義を変えることとなりますが、この名義変更登記には登録免許税がかかります。

ただし、名義変更登記にかかる登録免許税は買主が負担することが多く、売主の負担になることはほとんどありません。

抵当権抹消登記にかかる登録免許税：1筆あたり1,000円

「抵当権」の抹消登記にも、登録免許税がかかります。

抵当権とは、ローンの返済が滞った場合に、ローンを組んでいる金融機関がその土地を競売（けいばい）にかけ、ローン残債を回収するための担保です。

この抵当権の抹消登記にかかる登録免許税は、売主が負担することが一般的です。

売却する土地に抵当権が付いている場合、買主に土地を引き渡すまでに抵当権を抹消しなければなりません。

なぜなら、抵当権が付いたままの土地は、売主がその後ローンを滞納した際に買主が購入した土地を競売にかけられて失う可能性があり、そのような土地を購入する人はほとんどいないからです。

金融機関のローン約款によって、ローン返済中の土地の名義変更は制限されていることがほとんどです。

抵当権の抹消登記にかかる登録免許税の金額は、次のとおりです。

登録免許税（抵当権抹消）＝抵当権を抹消する不動産の数×1,000円

また、抵当権の抹消手続きを司法書士へ依頼する場合は、1万円から2万円程度の報酬が別途発生します。

譲渡所得税と住民税：取得費の額などによって変動

譲渡所得税と住民税（以下、「譲渡所得税等」といいます）とは、土地などを売却して得た利益に対してかかる税金です。

譲渡所得税等は国などが計算してくれるのではなく、自分で計算して確定申告をしなければなりません。

確定申告の期限は、土地を売却した年の翌年2月16日から3月15日までです。

譲渡所得税等は、高額となる可能性があります。

一方、特別控除などの特例を受けることで、税額がゼロとなることも少なくありません。

そのため、土地の査定額が判明した時点で、譲渡所得税等を試算しておくようにしてください。

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おうちクラベルとは、所定のフォームに売却したい土地の情報を1度入力するだけで、複数の不動産会社に査定の依頼をすることができる不動産一括査定です。

複数社による査定額を比較することで、土地の売却適正額を把握しやすくなり、売却によってかかる税金をより正確に試算しやすくなります。

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5,000万円で土地を売却する場合の譲渡所得税の計算の流れ

5,000万円で土地を売却して利益が出たら、この利益に対して譲渡所得税と住民税がかかります。

譲渡所得税等は「5,000万円で土地を売ったらいくら」などと算定するのではなく、次の式で算定します。

課税譲渡所得金額＝収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額
譲渡所得税額＝課税譲渡所得金額×税率
住民税額＝課税譲渡所得金額×税率

ここでは、計算の流れと各計算要素の概要について解説します。

参照元：No.1440 譲渡所得(土地や建物を譲渡したとき)（国税庁）

収入金額を把握する

はじめに、収入金額を把握します。

収入金額とは、土地の売却によって買主から受け取る対価です。

5,000万円で土地を売却した場合、収入金額は5,000万円となります。

土地がいくらで売れるかがわかると、譲渡所得税等の試算がしやすくなります。

そのため、土地の査定額がわかったら、税金がいくら発生するのか試算するとよいでしょう。

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取得費を算定する

次に、取得費を算定します。

取得費とは、売却する土地の取得に要した費用です。

次に費用などは、原則として取得費に計上することができます。

土地の購入代金、購入手数料、改良費
土地を取得（購入、相続など）したときに納めた登録免許税、登記費用、不動産取得税、特別土地保有税（取得分）、印紙税
借主がいる土地を購入するときに、借主を立ち退かせるために支払った立退料
土地の埋立てや土盛り、地ならしをするために支払った造成費用
土地の取得に際して支払った土地の測量費
所有権などを確保するために要した訴訟費用（ただし、遺産相続争いの解決費用を除く）
建物付の土地を購入してその後おおむね1年以内に建物を取り壊すなど、当初から土地の利用が目的であったと認められる場合の建物の購入代金や取壊しの費用
土地を購入するために借り入れた資金の利子のうち、その土地を実際に使用開始する日までの期間に対応する部分の利子
既に締結されている土地などの購入契約を解除して、他の物件を取得することとした場合に支出する違約金

ただし、事業所得や不動産所得などの必要経費として計上した費用は、重ねて取得費に計上することはできません。

なお、土地が相続などで取得した場合は取得費に関する資料が残っておらず、取得費がわからない場合もあると思います。

その場合は、「収入金額×5％」で取得費を算定します。

譲渡費用を算定する

次に、譲渡費用を算定します。

譲渡費用とは、土地を売却するために直接要した費用です。

譲渡費用に計上することができる費用には、次のものなどがあります。

土地を売るために支払った仲介手数料
印紙税で売主が負担したもの
土地を売るためにその上の建物を取り壊したときの取壊し費用とその建物の損失額
既に売買契約を締結している資産をさらに有利な条件で売るために支払った違約金

一方、売却までに支払った固定資産税や売却代金を取り立てるために要した費用などは売却のために直接要した費用とまでは言えず、譲渡費用に算入できません。

適用を受けられる特別控除を確認する

次に、適用を受けられる特別控除を確認します。

特別控除とは、所定の要件を満たすことで適用できる、実際の支出を伴わない控除です。

譲渡所得税等の特別控除は控除額が大きいものが多く、適用を受けることで税額がゼロとなることも少なくありません。

土地の売却で使える代表的な特別控除は、後ほど詳しく解説します。

課税譲渡所得金額を算定する

ここまでが算定できたら、課税譲渡所得金額を計算します。

繰り返しとなりますが、課税譲渡所得金額は次の式で算定します。

課税譲渡所得金額＝収入金額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額

この計算結果がマイナスとなる場合は譲渡所得税額は発生しないため、この先の計算を確認する必要はありません。

長期・短期を確認する

課税譲渡所得金額がプラスとなる場合は、短期・長期の別を確認します。

いずれに該当するかによって、適用される税率が倍近く異なることとなるためです。

長期に該当するか短期に該当するかは、売却した年の1月1日時点における所有期間に応じて、次のとおりとなります。

5年超：長期譲渡所得
5年以下：短期譲渡所得

なお、その土地が相続や贈与などで受け取ったものである場合、この所有期間は亡くなった人（「被相続人」といいます）や贈与者の所有期間を引き継ぐことが可能です。

税率を乗じる

譲渡所得税と住民税の税率は、長期譲渡所得金額に該当するか短期譲渡所得に該当するかによって、それぞれ次のとおりです。

売却した年の1月1日時点での所有期間	税率
売却した年の1月1日時点での所有期間	所得税	復興特別所得税	住民税	合計
長期譲渡所得（5年超）	15％	0.315％	5％	20.315％
短期譲渡所得（5年以下）	30％	0.63%	9％	39.63％

5,000万円で土地を売却する場合に使える主な特別控除

譲渡所得税等には、所得金額を軽減するさまざまな特別控除が設けられています。

ここでは、5,000万円で土地を売却する場合に活用できる可能性のある主な特例を4つ紹介します。

マイホームを譲渡した場合の3,000万円特別控除
被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの3,000万
収用等により土地建物を売ったときの5,000万円特別控除
平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡した場合の1,000万円特別控除

ここで解説しているのは概要だけであり、実際にはそれぞれ細かな適用要件が定められています。

そのため、実際に土地を売却する際は土地の査定額がわかった時点で税理士などの専門家へ相談し、特例の適用要件をよく確認しておいてください。

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マイホームを譲渡した場合の3,000万円特別控除

「マイホームを譲渡した場合の3,000万円特別控除」とは、マイホームである建物やその敷地である土地を売却した場合に、最大3,000万円の特別控除が受けられる特例です。

控除額が大きいため、減税効果が非常に大きくなります。

この特例は、建物を取り壊して土地のみを売却する場合であっても、一定の要件を満たすことで適用を受けられる余地があるため、マイホームを解体する前に要件を確認しておいてください。

ただし、この特例は、住宅ローン控除など他の一定の特例と併用することができません。

そのため、あらかじめ税理士などの専門家へ相談し、この特例を受けるか他の特例の適用を受けるか十分検討しておくことをおすすめします。

参照元：No.3302 マイホームを売ったときの特例（国税庁）

被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの3,000万円特別控除

「被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの3,000万円特別控除」とは、相続を機に空き家となった被相続人の元自宅（「被相続人居住用家屋」といいます）やその敷地を売却した場合に、最大3,000万円の特別控除が受けられる特例です。

この特例も、建物を取り壊して土地のみを売却する場合であっても、一定の要件を満たすことで適用を受けることができます。

参照元：No.3306 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例（国税庁）

収用等により土地建物を売ったときの5,000万円特別控除

「収用等により土地建物を売ったときの5,000万円特別控除」とは、土地収用法など一定の法律による公共事業のために土地や建物を売却した場合に、最大5,000万円の特別控除が受けられる特例です。

収用などによってやむを得ず土地を手放す際は、この特例の適用を受けられる可能性が高くなります。

参照元：No.3552 収用等により土地建物を売ったときの特例（国税庁）

平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡した場合の1,000万円特別控除

「平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡した場合の1,000万円特別控除」とは、個人が平成21年または平成22年に取得した国内の土地を売却した場合に、最大1,000万円が控除できる特例です。

売却する土地が平成21年または平成22年に取得したものである場合は、この特例の適用を受けられる可能性が高くなります。

参照元：No.3225 平成21年及び平成22年に取得した土地等を譲渡したときの1,000万円の特別控除（国税庁）

5,000万円で土地を売却する場合の税金計算例

5,000万円で土地を売却する場合、譲渡所得税等はいくらになるでしょうか？

ここでは、次の前提で、譲渡所得税と住民税の計算例を紹介します。

収入金額：5,000万円
取得費：各ケースによる
譲渡費用：300万円
長期・短期の別：長期譲渡所得に該当する
軽減税率の特例の適用はない

土地がいくらで売却できるかの想定ができると、譲渡所得税等が試算しやすくなります。

そのため、土地の査定額が判明したら、譲渡所得税等の試算をしておくことをおすすめします。

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取得費が不明の場合

取得費が不明な場合における譲渡所得税等の計算例は次のとおりです。

取得費：5,000万円×5％＝250万円
課税譲渡所得金額：5,000万円－（250万円＋300万円）＝4,450万円
譲渡所得税（復興特別所得税を含む）：4,450万円×15.315%＝681万5,175円
住民税：4,450万円×5％＝222万5,000円
譲渡所得税と住民税の合計額：681万5,175円＋222万5,000円＝904万175円

取得費が不明な場合は、収入金額から差し引ける金額が少なくなる分、税額が高くなる傾向にあります。

取得費が3,000万円の場合

取得費が3,000万円であった場合における譲渡所得税等の計算例は次のとおりです。

取得費：3,000万円
課税譲渡所得金額：5,000万円－（3,000万円＋300万円）＝1,700万円
譲渡所得税（復興特別所得税を含む）：1,700万円×15.315%＝260万3,550円
住民税：1,700万円×5％＝85万円
譲渡所得税と住民税の合計額：260万3,550円＋85万円＝345万3,550円

取得費が不明で、マイホームを譲渡した場合の3,000万円特別控除の適用を受けられる場合

取得費が不明であるものの、「マイホームを譲渡した場合の3,000万円特別控除」の適用を受けられる場合における譲渡所得税等の計算例は、次のとおりです。

取得費：5,000万円×5％＝250万円
課税譲渡所得金額：5,000万円－（250万円＋300万円）－3,000万円＝1,450万円
譲渡所得税（復興特別所得税を含む）：1,450万円×15.315%＝222万675円
住民税：1,450万円×5％＝72万5,000円
譲渡所得税と住民税の合計額：222万675円＋72万5,000円＝294万5,675円

特例の適用を受けることで、600万円程度も税金が安くなることがわかります。

取得費が6,000万円の場合

土地の取得費が6,000万円であった場合における譲渡所得税等の計算例は次のとおりです。

取得費：6,000万円
課税譲渡所得金額：5,000万円－（6,000万円＋300万円）≦0　∴0円

課税譲渡所得金額がゼロ以下となるため、譲渡所得税等は発生しません。

5,000万円で土地を売却する場合にかかる税金以外の主な費用

5,000万円で土地を売却する場合、税金以外にもさまざまな費用がかかります。

最後に、税金以外の費用をまとめて解説します。

仲介手数料
測量費
建物の解体費用

仲介手数料

1つ目は、仲介手数料です。

仲介手数料とは、土地の売買契約を成立させてくれた不動産会社の支払う報酬です。

仲介手数料の額には法令で上限が定められており、売買価格に応じてそれぞれ次のとおりです。

売却価格	仲介手数料の上限額
200万円以下の部分	売却価格の5%＋消費税
200万円を超え400万円以下の部分	売却価格の4%＋消費税
400万円を超える部分	売却価格の3%＋消費税

土地の売買価格が400万円超である場合は、次の算式1つにまとめて計算することもできます（計算結果は同じです）。